פרשת מותו הטראגי של יאשיהו המלך מתוארת בספר דברי הימים ב' פרק לד. פרעה נכו יצא להלחם על נהר פרת, ולא התכוין להילחם ביאשיהו מלך יהודה, אלא רק לעבור דרך ארץ ישראל. למרות אזהרותיו של פרעה נכו, שאינו חפץ להילחם במלך יהודה, יצא יאשיהו נגדו למלחמה בבקעת מגידו ונהרג שם. המקרא מעיד שירמיהו עצמו קונן על יאשיהו (דהי"ב לד, כה):

            'ויקונן ירמיהו על יאשיהו ויאמרו כל השָׁרים והשָׁרות בינותיהם על יאשיהו עד היום, ויתנום לחוק על ישראל, והנם כתובים על הקינות'

לפי מסורת חז"ל, פרק ד' של מגלת איכה הוא הוא הקינה שחיבר ירמיהו על יאשיהו, וזו לשון רש"י בפירושו (איכה ד, א):

קינה זו נאמרה על יאשיהו כמו שנאמר בדברי הימים 'הלא היא כתובה על ספר הקינות' ועמה חיבר (ירמיהו) בתוך הקינה את שאר בני ציון'.

לפי עקרון זה מתפרשים גם הפסוקים 'תשתפכנה אבני קדש' ו'רוח אפנו משיח ה'' על יאשיהו עצמו.

לדעת חז"ל ענשו של יאשיהו בא בגלל ליצני דורו, שאף על פי שיאשיהו עשה מאמץ רב לבטל ע"ז מן הארץ, המשיכו רבים בעבודתה:

'והוא לא היה יודע שכל דורו היו עובדים ע"ז. ליצני הדור מה היו עושים? חצי צורה בדלת זו וחצי צורה בדלת זו' (כלומר בצד הפנימי של דלתות הבית היו צורות נסתרות של ע"ז שלא היו נראות אלא כשסגרו את שתי הדלתות מבפנים). (איכ"ר א, נג).

עוד דרשו חז"ל שהיה ויכוח בין יאשיהו לירמיהו: יאשיהו דרש 'וחרב לא תעבור בארצכם' (אפילו חרב של שלום, שאינה מיועדת להילחם בבני ישראל עצמם), ולכן יש להילחם בפרעה נכו. אבל ירמיהו אמר שאסור להילחם:

'ולא הסב יאשיהו פניו ממנו... ולא שמע אל דברי נכו מפי א-להים' - זה ירמיהו שאמר ליאשיהו כך מקובלני מישעיה רבי (ישע' יט): 'וסכסכתי מצרים במצרים' ולא שמע לו'. (איכ"ר, שם)

ר' אלעזר הקלירי כתב את אחת הקינות שלו לתשעה באב בעקבות קינתו של ירמיהו. קינה זו מתחילה במילים 'איכה אלי קוננו מאליו', והיא נאמרת עד היום במנהגי אשכנז. הקינה בנויה על סדר ראשי הפסוקים של איכה פרק ד' -- אותו פרק שנחשב לקינתו של ירמיהו על יאשיהו: טור ראשון מתחיל המילה 'איכה', טור שלישי במילה 'בני', טור חמישי במילה 'גם', טור שביעי במילה 'דבק' וכו', הכל על פי המילים הפותחות את פסוקי איכה ד'. בכך גם נוצר האקרוסטיכון האלפביתי של קינת הקלירי, על פי איכה ד'. לפי זה קינתו של הקלירי היא כעין הרחבה של קינת ירמיהו. נביא כמה טורים מן הפיוט:

            איכה אלי קוננו מאיליו

בן שמונה שנה החל לדרוש מאליו

            בני חם בעברם חנו עליו

ולא הוכר לו שיגוי מפעליו

     5     גם בכל מלכי ישראל אשר קמו לגדור

                        לא קם כמוהו מימות אביגדור

            דבק בו חטא ליצני הדור

                        אשר אחר הדלת קמו לסדור

            ...

            כילה המונו ללכת ארם נהרים

     10                למען 'לא תעבור חרב' כל שהוא באפרים

            לא שמע לחוזה לשוב אחורים

                        כי גזרה נגזרה לסכסך מצרים במצרים

            ...

ביאור: 1 קוננו מאיליו: אילי הארץ קוננו על יאשיהו.   בן שמנה שנה: מדובר על יאשיהו.   3 בני חם: פרעה נכו מלך מצרים.   4 שיגוי מפעליו: גודל צדקותו של יאשיהו לא עמד לזכותו.   5 לגדור: לשמור על העם מע"ז.   6 אביגדור: משה רבנו.   7 ליצני הדור: עיין למעלה.   8 קמו לסדור: לעבוד ע"ז סדורה.   9 כילה המונו: יאשיהו השחית את צבאו.   ללכת ארם נהרים: לכיוון יעדו של פרעה נכו, היינו למגידו.   10 כדי שלא תעבור כל חרב בארץ אפשרים.   11 לחוזה: לירמיה.   12 כי וכו': אלה דברי ירמיה. 

עתה נדון בפירוש המיוחס לרש"י לדברי הימים, בפרק המספר על מות יאשיהו.

כבר עמדו חכמים וחוקרים על העובדה שהפירוש המיוחס לרש"י לדברי הימים אינו שלו, ואינו מתאים לסגנונו הרגיל של רש"י מהרבה בחינות: אורך הפירוש, פירושים לשוניים שונים, מנהגים מאוחרים לרש"י המובאים בו, וחכמים שונים המאוחרים לדורו של רש"י המצוטטים שם.  נראה שהפירוש נכתב על ידי אחד מחכמי אשכנז של המאה הי"ב. בפרשת מלחמת יאשיהו ישנם כמה עניינים הקשורים לפיוטי תשעה באב, ונציין אותם להלן:

א. בתוך פירוש הפסוק 'ויצא לקראתו' (דהי"ב, לד, כ) משולבים שני טורים מתוך קינת הקלירי שנזכרה לעיל. מן העובדה שהמפרש שילב את הציטוט בתוך הפירוש, בלי לציין כלל את מקורו, נוכל ללמוד שקינותיו של הקלירי היו ידועות ללומדים (ולמפרש) עד שהיו שגורות בפיהם.  

ויצא לקראתו (לקראת פרעה נכו): שדרש 'וחרב לא תעבור בארצכם' אפילו חרב של שלום לא תעבור בארצכם' ולא ידע חטא ליצני הדור אשר אחרי הדלת קמו לסדור כמו שמפורש במסכת תענית.

ב. בדיבור המתחיל שלאחריו, שוב משלב הפייטן כמה טורים מאותו פיוט, אלא שהפעם הוא מפנה את הקורא למקורו: 'וזהו שיסד הקליר':

ולא שמע אל דברי נכו מפי א-להים: שאמר לו (ירמיה) מפי אלהים כי כן אמר ישעיה וסכסכתי מצרים במצרים, וזהו שיסד הקליר 'כל המוניו ללכת ארם נהרים / למען לא תעבור חרב כל שהוא באפרים / לא שמע לחוזה וישוב אחורים / כי נגזרה גזירה לסכסך מצרים במצרים'

ג. בביאור פסוק כה (שם), דיבור המתחיל 'ויתנום לחוק' (בעניין קינות העם על יאשיהו, ראה לעיל) מספר הפרשן על מנהגי תקופתו הוא:

ויתנם לחוק: כשמזדמן להם שום צער ובכיה שהם מקוננים ובוכים על המאורע - הם מזכירים זה הצער עמו. דוגמא בתשעה באב שמזכירים קינות על ההרוגים בגזירות שארעו בימינו - כן יבכיון על מות יאשיהו...

ממשפט זה ניתן ללמוד כמה דברים:

1. בימי הפרשן כבר נהגו להזכיר בתשעה באב קינות על גזרות, והכוונה מן הסתם לגזרות תתנ"ו.

2. הפרשן קורא לגזרות אלה 'בגזירות שארעו בימינו' - כלומר הוא חי זמן לא רב אחריהן.

הקינות הראשונות שנכתבו על גזירות תתנ"ו הן ממש מן הדור הראשון לגזירה, או מן הדור שלאחריו. המדובר בר' מנחם בר מכיר (מחבר הקינה 'אבל אעורר'), ובקינותיו של ר' קלונימוס בר יהודה איש מגנצא (המחצית הראשונה של המאה הי"ב). פרשן המקרא כבר מכיר מנהג זה כמנהג פשוט. למרות קדמותן של הקינות על הגזרות, לא נראה שהמנהג לאמרן היה נפוץ כבר בימי רש"י עצמו (שהיה בצרפת בסוף ימיו ונפטר רק עשר שנים אחרי הגזירה). זו אחת ההוכחות (מיני רבות) שהפירוש לדברי הימים אינו של רש"י עצמו.

3. אולי יוצא מדברי המפרש שהמנהג להקפיד לומר את קינת הקלירי על יאשיהו בתשעה באב הוא חלק ממסורת עתיקה מאוד, שכבר מצויינת לדבריו במקרא עצמו (כך מתפרש על ידו הביטוי 'ויתנום לחוק'). נציין רק שמלבד אמירת פרק ד' באיכה עצמו, מצאנו עוד קינה (תחילתה 'ארעים במר קלי'), המספרת גם היא את סיפור יאשיהו. קינה זו נראית קדומה לקלירי, מכיון שהיא כתובה בארמית, כלומר נתחברה בדורות קדומים שבהם הארמית עוד הייתה שפה חייה בארץ ישראל.